市場上常見的天然水晶替代品主要有合成水晶和玻璃制品，現分別介紹鑒別方法如下：
　　
1、合成水晶
成分和結構與天然水晶完全相同，特別是當水晶內部非常干凈，看不到任何特征時連實驗室鑒定都有一定困難必須借助大型儀器。這種情況僅靠肉眼和十倍放大鏡等便攜儀器是很難區分天然和合成水晶的。但也有一個不太好用的方法，那就是把待測水晶放置在常溫下待其溫度穩定后用手感覺其冰涼的程度。一般來講，天然水晶更涼，而合成水晶或玻璃有溫感。但此法受天氣和環境影響較大，冬天不適用。而且因為個人對溫度的感覺有差異，所以只是個輔助鑒定手段。

　　但多數天然水晶中都會存在或多或少的內含物，就是行家常說的棉、綹、云霧、礦物包體等，形成綠幽靈，各色發晶等品種，一派生機勃勃。而合成水晶就比較干凈，但有時也會出現一些特征。

　　出現下列特征之一的，即可確定為合成水晶：
　　
1）一段時間不擦的玻璃桌面上會落一層灰，這個現象大家想必都見過吧。如果在水晶內部看到類似“桌面灰塵”狀的現象，就是說晶體里有很多非常細小的灰色或白色小點點沿一個平面或幾個平行的平面分布，而晶體的其余部分又非常干凈。那基本上這就是合成水晶了。
　　
2）合成水晶中有時會有一些非常細的空管狀包裹體，這些空管也是基本平行的，有時會通到表面，也可能是一頭大一頭小，像釘子一樣的。這也只有合成水晶才有，可能是合成時的一些熔劑殘余。
　
3）天然的水晶基本上沒有綠色的，或者說極為罕見。像綠幽靈、綠發晶等品種，里面的包裹體是綠的，但水晶本身還是無色透明的。所以市場上出現的大量綠色透明的水晶，顏色基本都是處理的，而且多數本身是合成水晶。
　　
2、玻璃
　　
很便宜的仿品，可以有各種顏色，有時還能做成半透明的，相對好鑒別一些。出現下列特征的可看作玻璃：
　　
1）很多書上教人用看頭發重影的方法區分水晶球和玻璃球，就是把一根頭發放在下面，透過球看頭發，如果頭發變成兩根了就是水晶（天然或合成），還是一根的就是玻璃。但這個方法用起來有些限制：球不能太小，如果是手串上的圓珠就不好用了。而且在看時要注意轉動水晶球觀察，不是所有方向都會出重影的。本人對水晶球不太感冒，所以不怎么會看，不過在這里提醒一下想買水晶球的朋友：那些個頭不小，內部非常干凈，價格還不太貴的“水晶球”一定要注意，很可能是合成水晶或玻璃，購買時一定要索要國家認可的專業機構出具的鑒定證書。
　　
2)只有玻璃里才會出現氣泡，可大可小，但天然的玉髓里有時也有圓球狀的包體，本人就見過一些，不注意很容易認為是氣泡。區別是氣泡表面很亮有反光，而包體的表面光澤就暗多了。這需要經驗，要多看就能掌握。
　　
3）玻璃制品一般是澆鑄或吹制成型的，而水晶是經磨制后拋光成型的。所以，像水晶圓珠有時不夠圓，有些地方還有些剩余平面或缺口；而刻面水晶的刻面大小可能不一致，這些“瑕疵”其實也是水晶的標簽，因為玻璃只可能出現鑄造時的壓痕（就像在很多塑料制品上出現的）或吹制時的螺旋紋。
　　
4）施華洛氏奇“水晶”。施華洛氏奇的制品被稱為“水晶”，但實際上是一種加入了大量鉛的玻璃制品。因為鉛會提高玻璃的折射率，使其看起來光彩閃爍，火彩甚至接近鉆石。而真正的水晶在正常佩戴陳設的過程中不會磨損。還很多所謂的施華洛氏奇飾品上的寶石是合成的立方氧化鋯，俗稱cz，是一種仿鉆，火彩也很強且硬度高于水晶，但這類飾品應該不是施華洛氏奇的產品，因為施華洛氏奇都是鉛玻璃的。